Gümrük birliklerinin ekonomik teorisi çok karışıktır. Bunda hem serbest ticaretin hem de daha fazla müdahalelerin unsurları vardır. Nitekim gümrük birliğine katılanlar arasında daha fazla serbest ticaret yaratılırken, gümrük birliği dışından gelecek rekabete karşı daha fazla koruma söz konusudur. Dışarıdan gelecek rekabete karşı korunma artmıştır. Çünkü, birliğe dahil bir memleketteki üreticinin pazarı genişlemekte ve yalnız kendi memleketindeki dışa karşı korunmadan değil, ortak memleketlerdeki korunmadan bile istifade etmektedir. Bu bakımdan gümrük birliklerini hem serbest ticaretçiler hem de müdahaleciler müdafaa veya tenkit edebilmektedirler.
Gümrük birliklerine üye ülkeler arasında gümrük tarife duvarlarının kaldırılması ve serbest ticaret alanının genişlemesi sonucu refahı arttırıcı gelişmelerin yanında, üçüncü ülkelere karşı uygulanan gümrük duvarları nedeniyle refahı azaltıcı etkenler oluşabilir. Gümrük birlikleri teorisinde optimum refaha ulaşmak söz konusu olmadığı için ( dışa karşı uygulanan gümrük tarifeleri sonucu ), refahın arttırılması söz konusudur. Bu da “ikinci en iyi durum” teorisi içinde ele alınır.
